研究所
天津医学健康研究院 北京脑和类脑研究院
医院
北京协和医院以其专家优势、技术优势、资源优势被国家卫生部指定为“全国疑难病症技术指导中心”之一；
阜外医院是国内最大的叁级甲等心血管病专科医院；肿瘤医院是国内最大的肿瘤专科医院，是世界卫生组织癌症研究合作中心之一；
整形外科医院是国内规模最大、技术力量最强的整形外科叁级甲等专科医院；
位于天津的血液病医院是我国唯一的临床与基础研究相结合的国家级血液学专业临床与科研机构；
位于南京的皮肤病医院是目前全国最大、技术最先进的从事皮肤病研究的专科医院。
北京协和医院的综合实力和各个专科医院的技术力量奠定了协和医学院的临床医疗水平在中国现代医疗技术领域中的代表地位，为学生在临床实践中提高基本技能、基本操作创造了良好的条件。
学院
药学院
马克思主义学院 人文和社会科学学院 脑和类脑学院
